L'immunothérapie allergénique est particulièrement efficace et bien documentée pour les allergies respiratoires aux acariens, aux pollens de graminées, d'arbres et d'herbacées, ainsi que pour les allergies aux venins d'hyménoptères (abeille, guêpe). Pour ces indications, son efficacité est reconnue par la HAS et les sociétés savantes européennes.
Pour les allergies alimentaires (arachide, lait, oeuf), des protocoles de désensibilisation orale existent mais restent réalisés en milieu spécialisé, car ils comportent un risque de réaction sévère. Pour les allergies médicamenteuses, des protocoles de tolérance existent également dans certains centres.