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Guide Urologie

Infections urinaires et calculs

Deux troubles fréquents, trop souvent banalisés

La cystite, la pyélonéphrite (infection des reins), la colique néphrétique : ces pathologies concernent des millions de personnes chaque année. Comprendre ce qui se passe, comment les traiter et surtout comment éviter les récidives change vraiment la donne au quotidien.

📅 Mis à jour : juin 2026 ✍️ Équipe Hospitalidée 📚 HAS · AFU · Santé publique France
« L'eau est le principe et la fin de toutes choses. » — Attribué à Thalès de Milet, philosophe grec, VIe siècle av. J.-C.

Boire suffisamment n'est pas seulement une bonne habitude. En urologie, c'est souvent le premier geste thérapeutique : contre les infections urinaires, contre les calculs rénaux, contre les récidives. Une réalité simple, que la médecine confirme à chaque recommandation.

Ce chapitre explore deux des motifs de consultation les plus fréquents en urologie : les infections des voies urinaires et la lithiase urinaire (les calculs). Deux pathologies distinctes, mais qui partagent plusieurs facteurs de risque et de nombreuses solutions préventives accessibles à tous.

Les infections urinaires : comprendre et agir

Les infections urinaires (IU) figurent parmi les infections bactériennes les plus courantes en médecine de ville. Elles touchent principalement les femmes, mais concernent aussi les hommes, les personnes âgées et les enfants.

50 %
des femmes connaîtront au moins une infection urinaire au cours de leur vie
Santé publique France, 2022
0,5 à 0,7
épisode d'infection urinaire par femme et par an en moyenne
Santé publique France, 2022
35 %
des urgences urologiques sont d'origine infectieuse
Registre OSCOUR, EM-consulte, 2021
80 %
des infections urinaires sont causées par la bactérie Escherichia coli
HAS, Fiche mémo cystite, 2024

Les infections urinaires se classent selon leur localisation et leur gravité :

La cystite aiguë

Infection de la vessie. Très fréquente chez la femme, elle se manifeste par des brûlures en urinant, une envie urgente et fréquente, sans fièvre. Elle est bénigne et se traite par antibiothérapie courte.

La pyélonéphrite aiguë

Infection des reins. Elle associe des douleurs lombaires et une fièvre élevée à des signes urinaires. Plus sérieuse, elle nécessite toujours une prise en charge médicale rapide et un examen cytobactériologique des urines (ECBU).

La prostatite

Infection de la prostate chez l'homme. Elle peut être aiguë (fièvre, douleurs pelviennes, difficultés à uriner) ou chronique (gêne persistante, moins spectaculaire mais plus difficile à traiter).

La cystite récidivante

Définie par 4 épisodes ou plus par an. Elle justifie un bilan urologique pour rechercher une cause sous-jacente, et peut bénéficier d'une antibioprophylaxie encadrée ou de mesures préventives non antibiotiques.

Le saviez-vous ?

Depuis 2024, la Haute Autorité de Santé (HAS) autorise les pharmaciens d'officine à délivrer un traitement antibiotique pour une cystite aiguë non compliquée, sans ordonnance préalable, sous réserve d'un test urinaire positif réalisé à l'officine. Une avancée concrète pour les femmes concernées.

Source : HAS, Fiche mémo cystite aiguë simple, à risque de complication ou récidivante, mise à jour juillet 2024

Chez l'homme, toute infection urinaire est d'emblée considérée comme compliquée : elle peut masquer une prostatite, une anomalie anatomique ou un obstacle. Un examen cytobactériologique des urines (ECBU) est systématiquement recommandé avant de traiter.

La lithiase urinaire : les calculs, une maladie qui se prévient

La lithiase urinaire désigne la formation de calculs (communément appelés « pierres ») dans les voies urinaires. Sa prévalence augmente régulièrement depuis cinquante ans dans les pays industrialisés, sous l'effet des changements alimentaires.

La colique néphrétique. C'est la manifestation aiguë la plus connue de la lithiase : une douleur lombaire intense, en crises, souvent irradiant vers l'aine. Elle est causée par un calcul qui obstrue l'uretère (canal reliant le rein à la vessie). Elle nécessite une consultation en urgence pour antalgiques puissants et bilan imagerie (uro-scanner).

Les calculs urinaires se forment quand certaines substances (calcium, oxalate, acide urique) sont présentes en excès dans l'urine et se cristallisent. Plusieurs types de calculs existent, les plus fréquents étant les calculs d'oxalate de calcium (environ 70 % des cas).

Type de calcul Fréquence Facteurs favorisants
Oxalate de calcium 70 % des cas Alimentation riche en oxalates (chocolat, épinards), déshydratation, hypercalciurie
Acide urique 10-15 % Alimentation riche en purines (viandes rouges, charcuterie), surpoids, diabète
Struvite 5-10 % Infections urinaires récidivantes à certains germes
Cystine 1-2 % Maladie génétique rare (cystinurie)
Le saviez-vous ?

La lithiase urinaire récidive dans environ 50 % des cas sans mesures préventives adaptées. Une simple modification alimentaire, combinant réduction des protéines animales, du sel et des aliments riches en oxalates, ainsi qu'une augmentation des apports hydriques, diminue significativement ce risque. L'alimentation est ici un vrai levier thérapeutique.

Source : AFU, Comité Lithiase (CLAFU), Recommandations 2022, Progrès en Urologie, volume 33, 2023

Prévenir les récidives : hydratation et alimentation

Qu'il s'agisse des infections urinaires ou des calculs, la prévention des récidives repose sur des mesures simples mais efficaces. L'hydratation en est le pilier central.

L'objectif hydrique recommandé. Pour prévenir les calculs urinaires, l'Association Française d'Urologie (AFU) recommande une diurèse supérieure à 2 litres par jour, soit environ 2 à 2,5 litres de boisson quotidienne. Ce volume doit être augmenté par temps chaud et lors de l'exercice physique.

Au-delà de l'hydratation, les mesures préventives varient selon le type de trouble :

Plusieurs mesures non médicamenteuses réduisent le risque de récidive des infections urinaires chez la femme :

  • Boire suffisamment pour maintenir une diurèse abondante (effet de dilution et d'élimination bactérienne)
  • Uriner après les rapports sexuels
  • Éviter les produits d'hygiène intime irritants (savons parfumés, lingettes)
  • Adopter une hygiène intime à l'eau claire, de l'avant vers l'arrière
  • Traiter une constipation chronique si présente

La canneberge (cranberry) à la dose de 36 mg par jour de proanthocyanidine peut être proposée en prévention des cystites récidivantes à Escherichia coli. La HAS encadre cette recommandation depuis 2024. Chez les femmes ménopausées, les oestrogènes en application locale peuvent aussi réduire la fréquence des récidives.

Après un premier épisode de lithiase, un bilan métabolique est recommandé par l'AFU pour identifier la cause et adapter les conseils alimentaires. Les mesures générales comprennent :

  • Boire au moins 2 litres d'eau par jour, répartis sur toute la journée, y compris la nuit
  • Réduire les protéines animales (viande, poisson, fruits de mer) à moins de 1 gramme par kilo et par jour
  • Réduire le sel : moins de 5 grammes par jour
  • Modérer les aliments riches en oxalates : chocolat, épinards, rhubarbe, thé fort, fruits secs
  • Ne pas réduire les apports en calcium alimentaire (produits laitiers) : contrairement aux idées reçues, une alimentation pauvre en calcium aggrave le risque de calculs d'oxalate

Ces mesures sont adaptées selon le type de calcul identifié à l'analyse morphologique, réalisée après expulsion ou extraction.

Contrairement à une idée répandue, les patients porteurs de calculs d'oxalate de calcium ne doivent pas supprimer les produits laitiers de leur alimentation. Le calcium alimentaire se lie à l'oxalate dans l'intestin et réduit son absorption : moins de calcium alimentaire signifie davantage d'oxalate absorbé et excrété dans les urines, ce qui augmente le risque de calculs.

Ce paradoxe illustre l'importance d'un bilan métabolique personnalisé plutôt que de recommandations génériques souvent mal adaptées à chaque situation.

Traitement : ce que la médecine propose

Les infections urinaires et les calculs urinaires bénéficient tous deux de traitements bien codifiés. Selon la gravité et le contexte, les options vont du traitement ambulatoire simple à la prise en charge spécialisée.

Bon usage des antibiotiques. Les antibiotiques sont indispensables pour traiter les infections urinaires, mais leur surutilisation favorise l'émergence de résistances bactériennes. Les recommandations de la Haute Autorité de Santé (HAS) sont précises sur le choix des molécules : en 2024, la fosfomycine-trométamol en prise unique reste le traitement de première intention pour la cystite aiguë simple.

Pour les calculs urinaires, le traitement dépend de la taille, de la localisation et du type du calcul :

  • Expulsion spontanée : possible pour les calculs de moins de 5 mm. Elle est favorisée par une hydratation abondante et parfois par un traitement médical (alpha-bloquant).
  • Lithotripsie extracorporelle (LEC) : technique non invasive utilisant des ondes de choc pour fragmenter le calcul depuis l'extérieur du corps.
  • Urétéroscopie : passage d'un endoscope par les voies naturelles jusqu'au calcul pour le fragmenter au laser et l'extraire.
  • Néphrolithotomie percutanée (NLPC) : intervention chirurgicale réservée aux calculs volumineux ou de localisation complexe.
Ne pas retarder la prise en charge d'une colique néphrétique fébrile. Quand une colique néphrétique (douleur lombaire brutale) s'accompagne de fièvre, cela peut indiquer une infection sur calcul (pyélonéphrite obstructive). C'est une urgence urologique qui nécessite une hospitalisation en urgence, car le risque de sepsis (infection généralisée) est réel.

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Questions fréquentes

Depuis 2024, oui, dans les cas simples. La Haute Autorité de Santé (HAS) permet aux pharmaciens de délivrer un traitement antibiotique pour une cystite aiguë non compliquée, sous réserve d'un test urinaire (bandelette urinaire) réalisé à l'officine et d'un résultat positif. Cette mesure concerne les femmes sans facteurs de risque particuliers.

En cas de fièvre, de douleurs lombaires, de grossesse, de diabète ou d'antécédents urologiques, une consultation médicale reste indispensable.

Pas nécessairement pour chaque calcul, mais le premier épisode de colique néphrétique doit toujours être évalué médicalement pour confirmer le diagnostic (uro-scanner) et exclure une complication infectieuse. Un calcul asymptomatique découvert fortuitement doit être discuté avec un médecin pour définir la meilleure stratégie : surveillance, traitement médical ou intervention.

Après un premier calcul, un bilan métabolique est recommandé pour identifier la cause et personnaliser la prévention des récidives.

La cystite simple est une infection bénigne et ne laisse pas de séquelles. En revanche, une pyélonéphrite aiguë (infection rénale) non traitée peut évoluer vers un abcès rénal ou un sepsis (infection généralisée), notamment chez les personnes immunodéprimées, les femmes enceintes ou les diabétiques.

La règle simple : toute infection urinaire avec fièvre ou douleurs lombaires mérite une consultation médicale sans délai.

L'alimentation joue un rôle majeur dans la prévention des récidives de lithiase urinaire. Pour les calculs d'oxalate de calcium (les plus fréquents), réduire les protéines animales, le sel et les aliments riches en oxalates, tout en maintenant un apport hydrique supérieur à 2 litres par jour, est souvent suffisant pour réduire significativement le risque de récidive.

Cependant, certaines causes de lithiase sont métaboliques ou génétiques (hyperparathyroïdie, cystinurie) et nécessitent un traitement médical spécifique, identifiable uniquement par un bilan métabolique.

Sources et références

  • HAS : Choix et durées d'antibiothérapies, cystite aiguë simple, à risque de complication ou récidivante de la femme, mise à jour juillet 2024. has-sante.fr
  • AFU, Comité Lithiase (CLAFU) : Recommandations 2022 sur la lithiase urinaire. Progrès en Urologie, volume 33, n° 14, novembre 2023. urofrance.org
  • Santé publique France : Données épidémiologiques infections urinaires en France, 2022. santepubliquefrance.fr
  • EM-consulte : Épidémiologie des urgences urologiques en France, registre OSCOUR 2014-2019, 2021. em-consulte.com
  • EM-consulte : Épidémiologie actuelle de la lithiase rénale en France. Progrès en Urologie, 2005, rééd. 2023. em-consulte.com

Sélection éditoriale Hospitalidée : toutes les sources citées dans ce guide sont accessibles librement en ligne.

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